Windows 2003 Server soll eigentlich viele neue Möglichkeiten bieten – aber die Kompatibilität mit wichtigen Microsoft-Applikationen lässt zu wünschen übrig. Kern des Problems ist der Webserver IIS in seiner Version 6.0, der für Win Server 2003 weitgehend überarbeitet wurde. Damit können SQL Server in den Versionen 6.5 und 7.0 sowie der Windows Exchange Server 5.5 und 2000 nicht auf dem neuen Server-Betriebssystem eingesetzt werden.
Ohne Update können auch die älteren Versionen von Sharepoint Portal Server und Sharepoint Team Service nicht verwendet werden. Wer Exchange Server auf Win 2003 Server einsetzen will, muss folglich auf Exchange 2003 warten.
Ohne Aussicht auf ein Update werden andere Anwendungen auf Dauer nur auf älteren Server-Plattformen laufen: Biz Talk 2000, Commerce Server 2001, Content Manager Server 2001 und Monile Information Server 2001 gehören nach Informationen von Testlabors in den USA dazu.
Allein dadurch dürfte die Verbreitung des Server-Betriebssystems langsamer anlaufen als sonst. Viele Anwender folgen ohnehin dem Rat von Analysten, mindestens sechs Monate mit einer Migration zu warten, bis die gravierendsten Kinderkrankheiten von Microsoft behoben wurden.
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